Cơ quan Thuế, Hải quan và các cơ quan khác được Chính phủ, Bộ Tài chính giao nhiệm vụ tổ chức thu NS (sau đây gọi chung là cơ quan thu) có trách nhiệm phối hợp với Kho bạc Nhà nước (KB) tổ chức thu và quản lý các khoản thu NS, thường xuyên kiểm tra, đôn đốc các đối tượng thực hiện nghĩa vụ nộp NS đầy đủ, kịp thời. Về nguyên tắc, các khoản thu NS được nộp qua ngân hàng hoặc nộp trực tiếp tại KB, trường hợp tại các địa bàn có khó khăn trong việc nộp qua ngân hàng hoặc nộp tại KB thì cơ quan thu được trực tiếp thu, hoặc uỷ nhiệm cho tổ chức, cá nhân thu tiền mặt từ người nộp, sau đó phải nộp đầy đủ, kịp thời vào KB theo quy định.

Tất cả các khoản thu NS được hạch toán bằng đồng Việt Nam, chi tiết theo niên độ ngân sách, cấp ngân sách và mục lục NS. Các khoản thu NS bằng ngoại tệ được quy đổi ra đồng Việt Nam theo tỷ giá hạch toán ngoại tệ do Bộ Tài chính công bố hàng tháng tại thời điểm hạch toán.

Các khoản thu NS bằng hiện vật, bằng ngày công lao động được quy đổi ra đồng Việt Nam theo giá hiện vật, giá ngày công lao động được cơ quan nhà nước có thẩm quyền quy định tại thời điểm phát sinh để hạch toán thu NS.

Các khoản thu NS được phân chia cho ngân sách các cấp theo đúng tỷ lệ phần trăm (%) do Uỷ ban thường vụ Quốc hội, Hội đồng nhân dân cấp tỉnh quyết định.

Các khoản thu không đúng chế độ phải được hoàn trả cho đối tượng nộp. Các khoản thu đã tập trung vào NS nhưng được miễn giảm hoặc hoàn trả, thì KB hoàn trả cho các đối tượng nộp theo quyết định của cơ quan nhà nước có thẩm quyền.

Quy trình, thủ tục, các hồ sơ cần thiết khi thu, nộp, miễn, giảm, hoàn trả các khoản thu NS phải được thông báo và niêm yết công khai tại cơ quan thu và KB nơi giao dịch trực tiếp với đối tượng nộp.

Về nhiệm vụ, quyền hạn của các cơ quan trong việc tổ chức thu ngân sách Nhà nước, gồm:

Cơ quan thu:

- Lập kế hoạch thu: căn cứ nhiệm vụ thu cả năm được giao, nhiệm vụ thu hàng quí do cơ quan thu cấp trên thông báo, số kê khai thuế và dự kiến các khoản phải nộp NS, cơ quan thu (nơi trực tiếp quản lý người nộp thuế) lập kế hoạch thu thuộc phạm vi quản lý, chi tiết theo từng địa bàn, loại hình doanh nghiệp, hộ kinh doanh..., thời hạn nộp, phân loại theo hình thức nộp tại cơ quan thu hoặc nộp trực tiếp vào KB (hoặc qua ngân hàng). Định kỳ hàng quý, cơ quan thu lập kế hoạch thu quý (có chia ra tháng), gửi KB đồng cấp để lập kế hoạch phối hợp tổ chức thu ngân sách. Thời gian gửi kế hoạch thu hàng quý do các cơ quan thu và KB thống nhất quy định tuỳ theo điều kiện cụ thể tại từng địa bàn;

- Tổ chức thu, nộp:

- Tổ chức việc nhận chứng từ thu tại KB thường xuyên hàng ngày;

- Kiểm tra hồ sơ đề nghị hoàn trả thuế của người nộp thuế, làm thủ tục hoàn trả các khoản thu cho người được hoàn trả kịp thời theo quy định;