Ngôi đền này được xây dựng khoảng năm 1930 – 1932, mang tên “Temple de Souvenir” (Đền kỷ niệm) thờ các binh sĩ Pháp chết ở Việt Nam. Từ năm 1956, Đền kỷ niệm này được sử dụng đa tín ngưỡng, thờ Khổng tử và thờ Vua Hùng, do Hội Khổng học quản lý.

Từ sau năm 1975, Bảo tàng Lịch sử - thành phố Hồ Chí Minh quản lý, đã chính thức đổi tên là Đền thờ Hùng Vương và đã đưa các tư liệu, hiện vật khảo cổ học thuộc thời đại Hùng Vương trưng bày tại đây nhằm giới thiệu lịch sử về thời đại Hùng Vương. Những năm sau này, đền thờ đã được thành phố Hồ Chí Minh sử dụng làm lễ giỗ Tổ Hùng Vương vào ngày 10 tháng 3 âm lịch hàng năm.

Ngày giỗ Tổ Hùng Vương tại đây đã góp phần quan trọng gợi nhớ cho thế hệ con cháu hôm nay về thời kỳ lịch sử dựng nước và giữ nước đầu tiên của dân tộc ta mà đứng đầu là các Vua Hùng. Đồng thời đã gây được sự thôi thúc về niềm tự hào, về truyền thống dựng nước và giữ nước của dân tộc ta mà thế hệ hôm nay sẽ phát huy.

Đền thờ Hùng Vương tại Công viên lịch sử văn hóa dân tộc của thành phố tại quận 9 được khánh thành, thành phố Hồ Chí Minh đã tổ chức giỗ Tổ Hùng Vương tại đây bắt đầu từ ngày 10 tháng 3 năm 2009. Tuy thành phố Hồ Chí Minh không sử dụng đền thờ này là nơi tổ chức lễ giỗ Hùng Vương chính thức của thành phố, nhưng Đền thờ Hùng Vương tại số 2 đường Nguyễn Bỉnh Khiêm phường Bến Nghé, quận 1 vẫn là nơi thờ Hùng Vương trên địa bàn thành phố Hồ Chí Minh do Bảo tàng Lịch sử - thành phố Hồ Chí Minh quản lý, vẫn được nhân dân cúng lễ tưởng nhớ công lao các Vua Hùng.