Sau khi Pháp chiếm Sài Gòn (tháng 2 năm 1859), các Thừa sai Pháp bắt đầu xây dựng lại các cơ sở ở giáo phận Tây Đàng Trong. Tại Sài Gòn, nhiều họ đạo mới được thành lập, trong đó có Dòng Thánh Phaolô thành Chartres.

Tháng 9 năm 1862, nữ tu Benjamin bắt đầu việc xây cất Nữ Tu viện Thánh Phaolô. Ngày 18 tháng 7 năm 1864, công trình hoàn thành gồm cô nhi viện mang tên La Sainte-Enfance, nhà Nguyện và nhà cho các nữ tu, từ đó hình thành Nhà Giám Tỉnh Sài Gòn tại vị trí số 4 đường Citadelle (sau đổi thành đường Luro, rồi đường Cường Để và nay là đường Tôn Đức Thắng). Công trình do Nguyễn Trường Tộ(1) thiết kế, ông cũng được Giám mục Gauthier và linh mục Croc Tuyên Úy giao làm đốc công. Đây là một trong những công trình đầu tiên xây dựng theo lối kiến trúc phương Tây ở Sài Gòn, vào những năm 60 của thế kỷ 19.

Gian giữa nhà Nguyện trước khi bị ném bom (năm 1944)

Năm 1944, Nhật chiếm đóng Sài Gòn, khu vực này bị máy bay Đồng Minh Mỹ ném bom, một phần công trình bị hư hỏng nặng. Việc sửa chữa, trùng tu tu viện kéo dài từ năm 1945 đến năm 1952, qua hai thời nữ tu Giám tỉnh Francois de Saint Michel (1929-1948) và nữ tu Giám tỉnh Alice de Marie (1948-1959).

Sau năm 1975, một phần công trình được sử dụng làm Trường Trung cấp Sư phạm Mầm non, một số dãy nhà phải dỡ bỏ để làm đường Nguyễn Hữu Cảnh. 

Năm 2000, nữ tu Marie de Saint Jean Huỳnh Thị Quới(3) đã cho trùng tu toàn bộ bên ngoài nhà Nguyện. 

Tháng 12 năm 2008, nữ tu Maria Ngô Thị Mai Anh(4) tiến hành trùng tu toàn bộ bên trong ngôi nhà Nguyện và thay toàn bộ hệ thống mái ngói. Tháng 6 năm 2009, hoàn tất việc trùng tu.

Trải qua gần 150 năm thăng trầm, vẻ bề thế, nguy nga của Nữ Tu viện Thánh Phaolô, hay quen gọi là Tu viện Saint Paul, vẫn hiện hữu giữa không gian mênh mông, lưu giữ giá trị lịch sử - văn hóa của một công trình kiến trúc cổ đô thị những năm 60 - 70 của thế kỷ 19 giữa lòng thành phố Hồ Chí Minh

Mặt bên nhà Nguyện