Trường Trung học cơ sở Võ Trường Toản được thành lập sau năm 1975. Trước đó là trường Nam trung học công lập Võ Trường Toản, có các lớp từ đệ thất đến đệ nhất (lớp sáu đến lớp mười hai) và phụ trách thêm một ban tiểu học. Trường Nam trung học Võ Trường Toản thành lập vào tháng 09 năm 1956, trên cơ sở vật chất của trường Sư phạm Nam Việt

Hiện nay, dãy nhà A là dãy nhà cổ nhất của công trình. Dãy nhà B và dãy giữa mới được xây dựng thêm. Trường có 29 phòng học, bên cạnh đó có các phòng chức năng như: phòng Nghe nhìn, Thí nghiệm, Thư viện, phòng Multimedia, phòng Tin học và phòng Thiết bị.

Trước kia, trường Võ Trường Toản đã nổi danh là một trong những trường đào tạo học sinh giỏi của đô thành Sài Gòn. Tiếp nối truyền thống xưa, thầy và trò trường THCS Võ Trường Toản đã đạt được nhiều thành tích trong giảng dạy và học tập. Tập thể cán bộ nhà trường đã nhận bằng khen của Thủ tướng Chính Phủ và Ủy ban nhân dân thành phố Hồ Chí Minh